Skutki wykreślenia z rejestru VAT przy przekroczeniu limitu zwolnienia podmiotowego

03 listopada 2025

Wystawianie faktur VAT po wykreśleniu z rejestru

1. Status podatnika po wykreśleniu z rejestru

Deregistracja (wykreślenie z rejestru czynnych podatników VAT) ma charakter formalny i nie pozbawia podatnika jego materialnego statusu podatnika VAT w rozumieniu ustawy. Innymi słowy, jeżeli po wykreśleniu nadal prowadzi on działalność gospodarczą podlegającą opodatkowaniu, to w świetle art. 15 ust. 1 ustawy o VAT pozostaje podatnikiem VAT zobowiązanym do rozliczania podatku od dokonywanej sprzedaży.

Formalnie rzecz biorąc, wykreślony podatnik nie ma prawa posługiwać się statusem „podatnika VAT czynnego” do czasu ponownej rejestracji przez urząd. Wystawienie przez niego typowej faktury VAT w okresie wykreślenia jest nieprawidłowe – kontrahenci mogą mieć problemy z uznaniem takiej faktury, a organ podatkowy kwestionować prawo do odliczenia VAT. Zgodnie z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, podmiot, który wystawił fakturę z wykazaną kwotą podatku VAT, ma obowiązek ten podatek zapłacić do urzędu.

Należy podkreślić, że brak rejestracji nie zwalnia z obowiązku opodatkowania sprzedaży po przekroczeniu limitu zwolnienia podmiotowego (art. 113 ustawy o VAT – limit 200.000 zł). Sprzedaż od nadwyżki jest opodatkowana VAT z mocy prawa, a podatnik powinien uwzględnić VAT w cenach towarów/usług i odprowadzić go do urzędu skarbowego, nawet jeśli formalnie nie figuruje w rejestrze.

2. Dokumentowanie sprzedaży do czasu ponownej rejestracji

W okresie między wykreśleniem a ponowną rejestracją najlepszą praktyką jest wystawianie faktur bez wykazanego VAT, tj. dokumentów sprzedaży zawierających kwotę brutto, lecz bez formalnego naliczania podatku VAT na fakturze. Takie faktury mogą zawierać adnotację o braku opodatkowania i są zbliżone do faktur zwolnionych z VAT.

W praktyce:

  • Nie należy wystawiać standardowych faktur VAT z wykazaną kwotą podatku, gdyż podmiot nie figuruje w rejestrze.
  • Można stosować faktury uproszczone lub rachunki dokumentujące sprzedaż bez wyszczególnionej kwoty VAT, ewentualnie z adnotacją o braku rejestracji VAT.

Alternatywnie, podatnik może wystawić faktury z VAT, ale musi niezwłocznie odprowadzić podatek do urzędu. W takim przypadku często dopuszcza się rejestrację VAT z datą wsteczną, obejmującą okres, w którym podatnik faktycznie rozliczał VAT.

3. Skutki wystawienia faktury z VAT bez statusu czynnego podatnika

  1. Obowiązek zapłaty wykazanego VAT przez wystawcę: Każda kwota VAT wykazana na fakturze staje się zobowiązaniem podatkowym (art. 108 ust. 1 ustawy o VAT). Brak wpłaty grozi zaległością wraz z odsetkami i sankcjami.
  2. Brak prawa do odliczenia VAT przez nabywcę: Nabywca faktury od wykreślonego podatnika nie ma pewności co do możliwości odliczenia VAT, zgodnie z art. 88 ust. 3a i 4 ustawy o VAT.
  3. Formalna bariera rejestracyjna: Dopóki sprzedawca pozostaje wykreślony, jego kontrahent nie powinien odliczać VAT.
  4. Ryzyko dla nabywcy: Odliczenie VAT może zostać zakwestionowane przez fiskusa; konieczne będzie dochodzenie prawa do odliczenia po przywróceniu statusu sprzedawcy.
  5. Możliwość naprawy sytuacji: Po przywróceniu rejestracji podatnika (nawet wstecznie) nabywca może odliczyć VAT.

4. Obowiązki formalne przy odzyskiwaniu statusu podatnika VAT

Aby odzyskać status czynnego podatnika VAT, należy:

  1. Złożyć brakujące deklaracje VAT i pliki JPK_V7 za okresy zaległe.
  2. Zapłacić zaległy podatek wraz z odsetkami.
  3. Złożyć wniosek o przywrócenie rejestracji (VAT-Z) w terminie 2 miesięcy od wykreślenia, wraz z dowodami prowadzenia działalności.
  4. W razie przekroczenia terminu – zarejestrować się ponownie przez VAT-R, wskazując faktyczny dzień obowiązku podatkowego.

5. Konsekwencje braku rejestracji po przekroczeniu limitu z art. 113

  • Obowiązek zapłaty zaległego VAT z odsetkami: Sprzedaż powyżej limitu traktowana jest jako opodatkowana, a brak rejestracji nie zwalnia z zapłaty.
  • Odpowiedzialność karna skarbowa: Brak rejestracji i niepłacenie VAT może być kwalifikowane jako przestępstwo lub wykroczenie skarbowe (art. 54 §1 KKS).
  • Utrata prawa do odliczenia VAT naliczonego: Niezarejestrowany podatnik nie może odliczyć VAT od zakupów dokonanych w okresie braku rejestracji (art. 88 ust. 4).
  • Kontrole i utrata wiarygodności: Fiskus może przeprowadzić kontrolę podatkową lub celno-skarbową, a kontrahenci mogą wstrzymać odliczenia.

Podsumowanie: Brak rejestracji mimo przekroczenia limitu zwolnienia jest bardzo ryzykowny – podatnik ponosi zaległy VAT z odsetkami, może być narażony na dotkliwe kary administracyjne i karno-skarbowe. Najlepiej niezwłocznie złożyć VAT-Z lub VAT-R i uregulować zaległości.

Źródła:

Poprzednie wpisy

Aport zorganizowanej części przedsiębiorstwa – spory podatkowe (2018–2023)
Zwolnienie z VAT dla różnych rodzajów usług najmu nieruchomości
Interpretacje KIS: wspólne przedsięwzięcie a VAT i CIT (2020–2025)
Świadczenia wspólnika na rzecz spółki z o.o. na podstawie art. 176 KSH
Wspólnik spółki z o.o. a status osoby bezrobotnej i prawo do zasiłku
Zakup używanych towarów – dokumentacja i rozliczenia podatkowe

Skontaktuj się z biurem rachunkowym TaxShield!

W celu rozpoczęcia działalności w formie Sp. z o.o. skontaktuj się z nami. Każdego miesiąca tracisz tysiące złotych przez nieoptymalny sposób działania. Zadzwoń. Udzielimy Tobie wszystkich informacji.

Dzwonie: +48-531-331-479